7月13日晚间，结算行南京银行官网火速发布通告，南京南京对当日《河南村镇银行储户：追查钱款流向，银行银行发现南京银行是人民结算行》的新闻进行了回应。南京银行并未否认文中提出的分行“河南村镇银行结算行”这一事实，但明确指出，火速商业银行代理村镇银行清算业务只作为资金清算通道，事件不承担资金风险。不承
7月13日，担资有媒体发文称，金风禹州新民生村镇银行的结算行储户此前把多笔资金从招商银行转入禹州新民生村镇银行。在追查钱款的南京南京流向时发现，招商银行的银行银行查复函，发给了南京银行和禹州新民生村镇银行。人民招商银行对其表示，分行南京银行是禹州新民生银行的结算银行。
对此，南京银行发布的通告指出，村镇银行的资金清算都是通过有清算资格的商业银行代理的。
商业银行代理村镇银行清算是根据《中国人民银行关于改善农村地区支付服务环境的指导意见》和《支付结算业务代理办法》规定依法合规开展，是一项常规的代理业务。在代理清算过程中，作为代理清算行的商业银行，负责清算指令的接收和按指令收付资金工作，只与被代理行和人民银行发生清算关系。
通告详细解释了商业银行代理村镇银行清算业务的流程：比如，汇款人要将其在A银行的资金转给村镇银行，A银行受理后，将该笔资金转入A银行在人民银行开立的备付金账户，人民银行根据A银行的清算指令，将该笔资金转入村镇银行的代理清算行在人民银行开立的备付金账户，并通知代理清算行，代理清算行根据该指令，将该笔资金转给村镇银行。在资金转给村镇银行后，代理清算行的工作完成。
14日早间，据新华网消息，人民银行南京银行也对此事作出了回应。
中国人民银行南京分行营业管理部相关负责人表示，中国现代化支付体系是我国重要的金融基础设施，由中国人民银行组建，各清算机构和金融机构参与，包括中国人民银行组建运营的大额支付系统、小额支付系统、网上支付跨行清算系统、全国支票影像交换系统和境内外币支付系统等，是我国金融市场的核心支持系统，为全社会经济活动提供安全、稳定和便捷的支付清算服务。
根据人民银行大额和小额支付系统业务处理办法等规定，对不能直接加入支付系统的中小银行机构，比如农村商行、村镇银行和外资银行等，中国人民银行批准其通过有资质的银行机构作为直接参与者（比如，南京银行）代理办理资金清算业务。
南京银行代理村镇银行资金清算业务是按照人民银行支付系统的相关规定办理的，有关资金清算服务合法合规，支付清算便捷、安全，运行稳定，与有关村镇银行案件没有任何关联。
目前，中国人民银行支付清算体系运行稳定，安全高效，流动性充足，能够很好地满足经济金融活动资金清算需要。
根据南京银行和人民银行南京分行的回应，这一事件中实际的操作流程应该是：客户要将招商银行的资金转到村镇银行，招商银行接到指令后，将该笔资金转入其在人民银行开立的备付金账户。人民银行根据招商银行的清算指令，将该笔资金转入村镇银行的代理清算行，也就是南京银行，在人民银行开立的备付金账户，南京银行根据该指令，将该笔资金转给村镇银行。
可以看出，南京银行在其中扮演的角色仅是出于合规需求的代理清算通道。
那么，为何要设立代理清算行这一角色，而不直接汇款转账呢？
一位专家向记者表示，人民银行出于对清算体系稳定性和风险隔离的考虑，一直以来不允许村镇银行直接接入清算系统。“这不仅仅是针对这一家村镇银行，全国的1000多家村镇银行都是一样的。”
他认为，南京银行跟村镇银行事件并无关系。“南京银行作为代理清算银行起到了隔离风险的作用。作为代理行，它没有任何权利介入资金的转账流程，只是接受指令而已。就好像我们自己转账，也是要把指令发给银行，让银行来做最后的支付结算一样。”
