按照国务院促进民间投资健康发展的垃圾有关决定精神，为落实垃圾填埋沼气发电项目企业所得税政策，填埋财政部、电项国家税务总局、目可免优国家发展改革委在2016年12月发出《关于垃圾填埋沼气发电列入〈环境保护、享税节能节水项目企业所得税优惠目录(试行)〉的收减通知》(财税〔2016〕131号)，规定自2016年1月1日起，垃圾将“垃圾填埋沼气发电项目”列入可享受减免税优惠的填埋“沼气综合开发利用”范围。
政策规定
企业所得税法规定“企业从事符合条件的电项环境保护、节能节水项目的目可免优所得可以免征、减征企业所得税”。享税企业所得税法实施条例对符合条件的收减环境保护、节能节水项目作了列举，垃圾包括公共污水处理、填埋公共垃圾处理、电项沼气综合开发利用、节能减排技术改造和海水淡化等，并规定项目的具体条件和范围由国务院财政、税务主管部门商国务院有关部门制定，报国务院批准后公布施行。税法还明确规定，企业从事前述符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年免征企业所得税，第四年至第六年减半征收企业所得税。
企业所得税法自2008年开始实施后，对于采用符合国家规定标准的卫生填埋、焚烧、热解、堆肥、水泥窑协同处置等工艺，专门从事生活垃圾、工业固体废物或危险废物的收集、贮存、运输、处置的公共垃圾处理项目，已经列入《环境保护、节能节水项目企业所得税优惠目录(试行)》(财税〔2009〕166号，以下简称《优惠目录》)。畜禽养殖场和养殖小区的沼气综合开发利用项目也在《优惠目录》之列，但是，垃圾填埋沼气发电项目却一直未在《优惠目录》之列，不能享受相关“三免三减半”的减免税优惠。
随着财税〔2016〕131号文件的发布，企业从事垃圾填埋沼气发电项目取得的所得，符合《优惠目录》规定优惠政策条件的，可依照规定享受免征、减征企业所得税的优惠(减免性质代码：04061004)。具体而言，符合下列条件的纳税人，从事垃圾填埋沼气发电项目取得的所得，自2016年1月1日起，可按税收政策享受“三免三减半”的减免企业所得税优惠：
1.单体装置容积不小于300立方米，年平均日产沼气量不低于300立方米/天，且符合国家有关沼气工程技术规范的项目;
2.废水排放、废渣处置、沼气利用符合国家和地方有关标准，不产生二次污染;
3.项目包括完整的发酵原料的预处理设施、沼渣和沼液的综合利用或进一步处理系统，沼气净化、储存、输配和利用系统;
4.项目设计、施工和运行管理人员具备国家相应职业资格;
5.项目按照国家法律法规要求，通过相关验收;
6.国务院财政、税务主管部门规定的其他条件。
注意事项
享受该项税收优惠的纳税人应注意，现行税收法规对于企业从事包括垃圾填埋沼气发电在内的符合条件的环境保护、节能节水项目取得的所得，规定的税收优惠办理方式是“预缴享受、年度备案”，即纳税人在年度中分期预缴企业所得税时即可自行享受减免税优惠，同时应按规定在不迟于年度企业所得税汇算清缴纳税申报时，向主管税务机关提供《企业所得税优惠事项备案表》，履行相关备案手续。
由于本项税收优惠事项属于定期减免税，纳税人只需在享受优惠起始年度备案，在减免税起止时间内，企业享受优惠政策条件无变化的，不再履行备案手续。
需要注意的是，纳税人需要在享受优惠事项后的10年内认真保管下列留存备查资料：
1.该项目符合《优惠目录》的相关证明;
2.环境保护、节能节水项目取得的第一笔生产经营收入凭证;
3.环境保护、节能节水项目所得单独核算资料，以及合理分摊期间共同费用的核算资料;
4.项目权属变动情况及转让方已享受优惠情况的说明及证明资料(优惠期间项目权属发生变动);
5.省税务机关规定的其他资料。
特别提示
财税〔2016〕131号文件规定，纳税人取得的符合规定优惠政策条件的垃圾填埋沼气发电项目所得，可自2016年1月1日起享受企业所得税“三免三减半”优惠，但由于文件发布时间已是2016年12月，这就意味着，所有合格的纳税人在预缴2016年第一季度至第三季度(部分纳税人预缴第四季度)企业所得税时，未能享受此项减免税优惠。因此，符合享受此项优惠政策条件的纳税人，在办理2016年度企业所得税汇算清缴时，应自行按规定计算允许减免的税额，预缴税款超过应纳税款的，按有关规定办理退税或者抵缴下一年度应缴企业所得税税款，同时及时履行备案手续，并认真保管好留存备查资料。
