财政部称，收紧个别地区土地出让收支管理仍存在一些问题。土地如，出让次有的款分地区土地出让收支未全额纳入地方基金预算管理；有的地区已收缴的土地出让收入在非税收入汇缴专户滞留时间过长，未按规定及时缴入地方国库；有的期缴地区存在拖欠土地出让收入问题，未能做到应收尽收；有的纳首地区越权减免缓缴或变相减免土地出让收入，造成土地出让收入流失；还有的地区未按规定编制土地出让收支预算等。
此外，市县财政、国土资源管理部门在编制土地出让支出预算时，要确保足额支付征地和拆迁补偿支出、补助被征地农民社会保障支出，重点向新农村建设倾斜，逐步提高用于农业土地开发和农村基础设施建设的比重；要严格按照规定将土地出让净收益的10%用于补充城市廉租住房保障资金，根据城市廉租住房保障工作进展情况及时核拨所需资金；要加强土地出让收支预算执行管理，对于未列入土地出让支出预算的各类项目，包括土地征收项目，一律不得通过土地出让收入安排支出。
